Cuando subimos una página web obviamente subimos todo una carpeta de golpe o bien subimos un zip con todo que luego descomprimiremos en el servidor.
Al hacerlo en bloque también subimos los ficheros Thumbs.db de Windows y los archivos de cache de Mac OS X (.DStore, y ficheros ._nombrefichero)
El fichero Thumbs.db tiene un poco de riesgo ya que a través de él se pueden sacar los nombres de las imágenes de la carpeta e igual no queremos que alguien vea "otras" imágenes.
Si no quieres borrarlos uno a uno lo mejor es que utilices un script como este:
http://zytzagoo.net/blog/2008/04/11/a-php-script-for-removing-thumbsdb-ds_store-macos-hidden-and-other-annoying-files/
Realmente es una librería, por lo que deberías añadir al final de ese archivo u otro el código
rdir_cleanup('.', true);
Si quieres hacer una prueba inicial que no borre nada puedes ejecutar entonces:
rdir_cleanup('.');
